大脳など臓器に障害を起こすものも
ほぼ全ての有機溶媒は有害である。多くの有機溶媒は大量吸引時に急激な意識喪失を起こし得、麻酔作用を有している。ジエチルエーテルやクロロホルムは歴史的には医療用の麻酔薬や鎮痛剤として使用されたこともあったが、常用すると神経が冒される(神経毒性)、もしくはがんを誘発するなど健康上の障害を引き起こす。
発癌性の観点からは、クロロホルムの他にも、(ガソリンにも含まれる)ベンゼンやHMPAなどは、発癌性を有する、もしくはその可能性があると考えられている。
メタノールは代謝により生成するギ酸のため、視神経に障害を与え、失明さらには死亡することもある。
その他、肝臓や腎臓あるいは大脳など臓器に障害を起こすものも多い。トルエンや酢酸エチルは毒物及び劇物取締法で劇物に指定されている。
有機溶媒の毒性がしばしば問題となることから、比較的無毒な溶媒への置き換え、さらには水を溶媒として用いる、あるいは無溶媒で反応を行う、といった化学プロセスの開発が行われており、それらはグリーンサスティナブルケミストリーで扱われる研究内容である。
溶媒蒸気にさらされることは避け、作業環境はドラフトチャンバーを用いたり換気を良くする。
密閉容器で保存する。
可燃性溶媒は火の近くで封を開けてはならない。
爆発や火災を避けるために引火性溶媒を床に流してはならない。
溶媒蒸気を吸入してはならない。
溶媒を皮膚につけてならない。多くの溶媒は皮膚より容易に吸収される。
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